La cosa viene smentita dall’uscita, nei primi mesi del 2000, di BLOODFLOWERS, in occasione del quale Smith si dice comunque ancora indeciso sul futuro della band. Le voci di scioglimento vengono rinforzate da un nuovo GREATEST HITS (2001) -pubblicato anche in edizione limitata con un secondo cd di versioni acustiche delle canzoni – e da un concerto berlinese del 2002 denominato “Trilogy”, che sa tanto di addio: la “trilogia oscura” di PORNOGRAPHY, DISINTEGRATION e BLOODFLOWERS suonata per intero dal vivo. Il concerto viene pubblicato in DVD nel 2003 e all’inizio del 2004 arriva JOIN THE DOTS, box retrospettivo con inediti. Ma nel frattempo le nubi sul futuro della band si sono dissolte: Robert Smith trova un nuovo sodale in Ross Robinson, già produttore di Slipknot e Korn. Assieme lavorano a THE CURE, che esce nell’estate 2004, seguito da un tour europa e America.
Nel maggio 2005, Roger O’ Donnell e Perry Bamonte lasciano la band e i rimanenti – Robert Smith, Simon Gallup e Jason Cooper – si esibiscono per un po’ in trio fino al Live 8 quando Porl Thompson ritorna per gli show estivi. Più tardi, la band registra una cover di John Lennon intitolata “Love”, per l’album di Amnesty International MAKE SOME NOISE.